Çocuk Endokrinoloji bölümünde; çocukluk çağı şeker hastalıkları (diyabet), troid hastalıkları, böbrek üstübezi hastalıkları, hipofiz bezi fonksiyon bozukluğu tedavileri alanında uzman hekimler tarafından yürütülmektedir.
Çocuk Endokrinoloji alanında önemli bir referans merkezi olan Başkent Üniversitesi Hastanesinde; büyüme-gelişme gerilikleri, aşırı tüylenme, adet düzensizliği, kalsiyum, D vitamini ve paratroid hormon bozuklukları, osteoporoz, kan şekeri düşüklüğü ile giden hastalıklar ve obesite (şişmanlık) tanı ve tedavisi yapılan hastalıklar arasındadır.